本次《火影忍者疾风传:究极忍者风暴3》所收录的剧情从六道培因一战结束之后的五影会议开始,一直到第四次忍界大战结束,玩家将能够完整体验原作中各种如鸣人vs 尾兽与面具男、五影vs 宇智波斑等等的名场面,此外也有根据玩家的选择而触发如鸣人vs 佐助等原创剧情。游戏中共有三种模式可让玩家选择,包括了游玩主线剧情的Ultimate Adventure终极冒险模式、选择喜爱的角色与电脑或亲朋好友进行对战的Free Battle自由对战模式,以及能够使用在剧情模式中培养的角色与网络上的同好进行对战的Online Battle网路对战模式。