《玩具兵大战：即时策略版》的故事发生在绿褐色玩具军间。褐色玩具军在声名狼藉的绿军叛徒闪电上校(Colonel Blitz)的领导下在花园、厨房中建筑基地，肆意破坏，绿军为了维护和平抗争到底。战斗都将在玩家身边进行，玩具兵们利用了人类的物品建筑自己的基地，易拉罐、咖啡机、水盆之类用来建造建筑，铅笔用来拉铁丝网，曲别针用来铺路，而篮球这样“大型”物品则是天然的掩体……玩家们将指挥英雄Sarge带领伙伴们一同战斗，这些伙伴们在前作中都曾出现：步枪兵、机枪兵、狙击手、火箭兵、火焰兵、迫击炮兵，还有新增的各种坦克、装甲车、直升机，这样一来战斗将在多兵种的配合下打响，而不是前作那样打一枪换一个地方的小规模战斗。
游戏的资源设计独树一帜，玩具大兵们所要采集的已经不是金、铁、气之类模式化的资源，而是同游戏内容密切结合的塑料和电能。但这些资源又是如何获得的呢？请大家看看自己的电脑桌，看看自己身边的零碎物品，这就得到答案了——塑料变形金刚、手表、电池，还有主人家狗狗的饭盒……对于在玩家屋里大摆战场的玩具兵来说，资源真是太丰富了！所以，游戏中大多数关卡根本不需要为资源而烦恼，玩家们所要做的就是指挥好侦察兵快速搜索每个角落的塑料制品和“电源”，再让绿色的小小翻斗车把它们收集起来送到精炼厂去炼化。 倒下的玩具兵同样可以转化成塑料资源，再次投入到战场中去，看来制作者的确应当得一项“环保游戏奖”！
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